V Království hub skončila motokárová sezóna, takže Mario a Peach odcestovali do Egypta, aby strávili příjemnou dovolenou. Jak se však dalo očekávat, Mario se znovu dostane do problémů, když objeví prastarou obří zbraň, která aktivuje a vystřelí dva velké projektily proti našemu hrdinovi. Jeho jediný způsob, jak uniknout, je utíkat, dokud nenajde magický předmět, který zničí obří kulky. Tato položka je ale dobře ukrytá a vede k ní dlouhá cesta, takže Mario musí uniknout spoustě pastí, konfrontovat se se zombiemi a mumiemi a najít bezpečnou cestu mezi spoustou překážek.